میکروبهای روده ای - اپی تلیوم وسیستم ایمنی در برابر عوامل بیماری زای روده مقاومت می کنند. اطلاعات اخیر نشان می دهد که پایداری ومقاومت سیستم ایمنی تنها به علت مجموع اجزاء نمی باشد، اما باید یاد آوری کنیم که این مولفه ها عواملی هستند که پایداری سیستم ایمنی رادر حد تعدیل نگه می دارند. باید از ابتلا به بیماریهایی که به وسیله سیستم ایمنی ایجاد می شوند جلوگیری کنیم. این جانداران کوچک جانداران میکروبی ناسازگارگفته می شوند که به وسیله تداخل میکروبی که دربرابر عوامل بیماری زا نوعی مانع ایجاد می کنند. باکتریهای روده ای که به طور طبیعی در سیستم ایمنی وجود دارند از ایجاد بعضی ازبیماریها جلوگیری می کنند واین جلوگیری به وسیله همکاری ورقابت وجایگزینی وحرکت در تولید مواد غذایی - توید ترکیبات سمی وایجاد تحریک در سیستم ایمنی است. این مکانیسم ها برای مقابله با بیماری به تنهایی عمل نمی کنند بلکه ممکن است این مکانیسم ها جلوگیری کنند ویا با هم یا با مکانیسم های دیگر ترکیب شوند. غذاهای تخمیری اگر با هم مورد استفاده قرار گیرند موجب بهبود وسلامتی می شوند وهمچنین باکتری های اسید لاکتیک وعوامل دیگری سبب پیشرفت بهبودی می شوند. تحققات اخیر نشان می دهد که باکتری های اسید لاکتیک وجانوران کوچک ومیکروسکوپی ریز دیگری هستند که مقاومت در برابر بیماری ها را افزایش می دهند.باکتری اسید لاکتیک می تواند غنی شود. اثر میکروبهای روده ای که با تغذیه مواد کربوهیدراتی ایجاد می شود این است که مقاومت باکتریایی در انسان نسبت به آنتی بیوتیک ها افزایش داده می شود. به این دلیل علاقه به عدم استفاده از آنتی بیوتیک ها برای درمان دامها دربین مردم وحکومت ها کم شده است. راه حل دسترسی به درمانهای فرعی آنتی بیوتیکی در دامها استفاده از میکروارگانیسم های ریز (پروبیوتیک) است. پروبیوتیک ها جاندارانی هستند که قبلا در لایه های زیرین بودند که توسعه یافته وبصورت گروههای باکتریایی ویا به صورت ترکیباتی از پروبیوتیک ها وپری بیوتیک ها (ساین بیوتیک ها) در آمده اند. تحقیقات تاکیید دارند که فایده تغییر شکل یابنده این است که باکتری های لایه های زیرین را مشخص می کنند زیرا به نظر می رسد که آنها به نهوی برسلامتی تاثیر دارند.
بیماری روده ای یک نگرانی مهم در صنعت طیور است زیرا با این بیماری بازدهی کم شده و مرگ ومیر طیورافزایش می یابد وبه این طریق آلودگی های انسانی از مصرف محصولات طیور افزایش می یابد.با افزایش مقاومت آنتی بیوتیکی استفاده از آنتی بیوتیک های درمانی دراروپا ممنوع شده است ودرادامه درخود امریکا نیز ممنوع خواهد شد.علاقه برای پیدا کردن جایگزینی دیگر برای استفاده در صنعت طیور بیشتر شده است که این خود راهی برای افزایش بیشتر تولیدات است.